Het cluster havenbeheer en waterbodemvervuiling heeft veel potentie. Het richt zich op de interactie tussen oppervlaktewater, grondwater en waterkwaliteitsbeheer in industriële gebieden. In havens overal ter wereld wordt dit een steeds groter probleem. Dit levert kansen op voor samenwerking met buitenlandse havenontwikkelaars.
De problemen van bodemdaling, kwel en verzilting zijn met name in de Nederlandse omstandigheden sterk gekoppeld. Het cluster richt zich op het duurzaam beheer van de kustgebieden en heeft daarmee inmiddels veel ervaring die relevant is voor vergelijkbare gebieden in het buitenland.

De inrichting van havens omvat de ontwikkeling van kades, golfbrekers en flexibele keringen. Naast technische kennis beschikt Nederland ook over bijzondere kennis op het gebied van economische havenstudies.