Bij waterbeheer op stroomgebiedniveau wordt steeds meer de nadruk gelegd op institutionele aspecten. Binnen Europa is de transnationale stroomgebiedbenadering erkent als een belangrijke ontwikkeling in het beheren van de Europese waterbronnen. De doelstellingen en strategieën daarvoor zijn vastgelegd in de Europese Kaderrichtlijn Water. Ook op wereldschaal wordt stroomgebiedbeheer over de landsgrenzen heen steeds meer benadrukt.

Stroomgebiedbeheer is een integrale benadering. De volgende onderdelen liggen ten grondslag aan deze benadering:

• Het natuurlijke systeem dat is gevormd door het stroomgebied;
• Het sociaal-economische kader rond het stroomgebied; en
• De maatregelen die getroffen zijn om het systeem te ontwikkelen.

Het cluster integraal stroomgebiedbeheer richt zich op de integrale benadering van alle functies van water in een stroomgebied. In Nederland spelen de Bsik-gefinancierde onderzoeksprogramma's 'Leven met Water' en 'Delft Cluster' een belangrijke rol in het wetenschappelijk bèta- en gamma-onderzoek op dit terrein. Sterke punten van Nederland zijn hier met name modelleren, risicomanagement, waterkwaliteitsbeheer en institutionele versterking. Toegevoegde waarde kunnen Nederlandse partijen bieden op stroomgebiedniveau, vooral in lange-termijnsamenwerking met strategische buitenlandse partijen. Speerpunten daarbij zijn 'Cost Recovery' en de institutionele context.

Belangrijke voorwaarden voor het succes van een integrale stroomgebiedbenadering zijn de promotie van duurzame activiteiten, participatie van  stakeholders in beleid en besluiten en het sterven naar economische haalbaarheid. Ondanks het feit dat consensus is bereikt over de concepten van stroomgebiedbeheer, vordert de introductie nog maar langzaam. Investeringen in grote infrastructuur zijn onmogelijk zonder gedegen onderzoek naar milieu-effecten en sociale impacts. Om duurzaam watergebruik te realiseren in de toekomst is samenwerking op nationale en regionale schaal een noodzaak in de komende decennia.

Cost recovery
In veel landen is 'cost recovery' een gevoelig onderwerp. Stroomgebiedsbeheerder hebben een adequaat budget nodig om te kunnen opereren. Hoe meer de stakeholders direct bijdragen aan dit budget, hoe meer ze zich betrokken voelen en hoe meer ze willen meewerken om de organisatie kosten-effectief te maken.

Institutionele context
In veel stroomgebieden zijn de stakeholders niet of nauwelijks georganiseerd. Substantiële sociale investeringen zijn noodzakelijk om een communicatie-structuur en een algemene visie te ontwikkelen. Het kost tijd om de bereidheid om samen te werken in een dergelijke organisatie te ontwikkelen. In internationale stroomgebieden kost dit nog meer tijd. Water is daarbij zowel een potentiële bron van conflict alsook een goede mogelijkheid om samen te werken en begrip te kweken over de landsgrenzen. Een gezamenlijke doel als goed waterbeheer in een grensoverschreidend stroomgebied kan de basis vormen voor een bredere samenwerking. Een goed voorbeeld hiervan is het door de EU gefinancierde initiatief om een gezamelijke stroomgebiedorganisaties op te richten voor de verschillende ethnische groeperingen in Bosnië Herzegovina.